CUT&Tag數(shù)據(jù)分析完整流程：從測(cè)序到圖譜解釋檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）技術(shù)因其高靈敏度、低背景和操作簡(jiǎn)便的特點(diǎn)，已廣泛應(yīng)用于染色質(zhì)修飾和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合研究。然而，實(shí)驗(yàn)只是dìyī步，高質(zhì)量的數(shù)據(jù)分析才是深入揭示染色質(zhì)調(diào)控機(jī)制的關(guān)鍵。本文將以系統(tǒng)化流程的方式，詳細(xì)梳理CUT&Tag數(shù)據(jù)分析的全流程，幫助科研人員高效解析數(shù)據(jù)，構(gòu)建高質(zhì)量的表觀遺傳圖譜。

一、CUT&Tag數(shù)據(jù)分析

一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的CUT&Tag數(shù)據(jù)分析流程通常包括以下步驟：

1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控（FastQC, MultiQC）

2、序列比對(duì)（Bowtie2）

3、去除冗余與低質(zhì)量數(shù)據(jù)

4、峰值識(shí)別（MACS2）

5、注釋與富集分析（HOMER、ChIPseeker）

6、數(shù)據(jù)可視化（IGV、deepTools）

7、跨組比較與差異分析（DiffBind、csaw）

二、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制

在正式開(kāi)始分析之前，應(yīng)對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)（通常為FASTQ格式）進(jìn)行全面的質(zhì)量評(píng)估，主要關(guān)注以下幾個(gè)指標(biāo)：

1、序列的平均質(zhì)量值（Q值是否達(dá)標(biāo)）

2、接頭污染是否存在

3、GC含量是否異常

4、序列長(zhǎng)度是否一致

目的：篩除低質(zhì)量reads，確保后續(xù)分析可靠。

三、比對(duì)至參考基因組

高質(zhì)量reads需比對(duì)至參考基因組（如人類(lèi)hg38或小鼠mm10），用于定位剪切的DNA片段來(lái)源。此步驟的輸出通常為BAM格式文件。

關(guān)鍵建議：

* 選擇合適的參考基因組版本，確保后續(xù)注釋數(shù)據(jù)庫(kù)的一致性。

• 保留只比對(duì)一次（wéiyī比對(duì)）的reads，以提升特異性。

四、去冗余與規(guī)范化處理

比對(duì)后還需進(jìn)行數(shù)據(jù)清洗，包括：

1、去除PCR重復(fù)（避免文庫(kù)擴(kuò)增偏倚）

2、過(guò)濾低質(zhì)量比對(duì)片段

3、對(duì)reads進(jìn)行歸一化處理，便于不同樣本間比較

此步驟決定數(shù)據(jù)的可視化質(zhì)量和峰值識(shí)別的準(zhǔn)確性。

五、峰值識(shí)別（Peak Calling）

此步驟是CUT&Tag數(shù)據(jù)分析的核心，目標(biāo)是識(shí)別出染色質(zhì)上真正富集的信號(hào)區(qū)域（即“peaks"）。根據(jù)研究目標(biāo)不同，可識(shí)別：

1、組蛋白修飾標(biāo)記（如H3K27ac、H3K4me3）

2、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（如CTCF、FOXA1）

注意事項(xiàng)：

* 峰值形態(tài)可能因目標(biāo)蛋白差異而變化，分析參數(shù)需個(gè)性化調(diào)整。

• 推薦在含有輸入對(duì)照或IgG背景樣本的條件下進(jìn)行，提升可信度。

六、功能注釋與生物學(xué)解釋

識(shí)別出峰值后，需要明確這些peaks的功能意義。常見(jiàn)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析包括：

1、將peaks注釋到zuì近的基因啟動(dòng)子或調(diào)控區(qū)域

2、分析富集的功能通路（如GO、KEGG）

3、尋找可能的調(diào)控因子或轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

解讀建議：

* 距離轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)2kb以內(nèi)的峰值更具調(diào)控意義

• 聯(lián)合已有的轉(zhuǎn)錄組或功能基因數(shù)據(jù)，增強(qiáng)解釋力

七、圖譜繪制與可視化

可視化是連接數(shù)據(jù)與科研敘事的橋梁。常見(jiàn)的可視化方式包括：

1、染色質(zhì)信號(hào)強(qiáng)度分布圖（沿基因體或TSS）

2、熱圖（展示不同樣本在特定區(qū)域的信號(hào)聚類(lèi)）

3、染色體軌道圖（如IGV圖，展示單基因位點(diǎn)的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)）

目的：提升數(shù)據(jù)展示的直觀性和說(shuō)服力，為文章發(fā)表提供支持性圖像。

八、跨樣本比較與差異分析（進(jìn)階分析）

如果實(shí)驗(yàn)設(shè)置涉及處理組與對(duì)照組，可進(jìn)一步開(kāi)展差異峰值分析，包括：

1、篩選在兩組之間顯著富集或缺失的peaks

2、分析差異區(qū)域所對(duì)應(yīng)的調(diào)控基因與功能路徑

3、探索潛在的表觀遺傳機(jī)制變化

應(yīng)用場(chǎng)景：藥物處理、基因編輯、疾病模型等。

百泰派克生物科技不僅提供優(yōu)質(zhì)的CUT&Tag實(shí)驗(yàn)試劑與技術(shù)支持，還為客戶提供：

• 標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)分析流程：確保數(shù)據(jù)處理流程quánwēi、合規(guī)

• 個(gè)性化注釋與可視化報(bào)告：助力科研論文圖表準(zhǔn)備

• 差異分析與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建：發(fā)掘深層次的生物學(xué)意義

CUT&Tag數(shù)據(jù)分析是一個(gè)系統(tǒng)性、邏輯性強(qiáng)的流程，涉及從測(cè)序數(shù)據(jù)處理、染色質(zhì)信號(hào)識(shí)別，到功能注釋與圖譜展示的多個(gè)環(huán)節(jié)。掌握高質(zhì)量的數(shù)據(jù)分析方法，才能充分發(fā)揮CUT&Tag技術(shù)在表觀遺傳研究中的價(jià)值。百泰派克生物科技愿與廣大科研人員攜手，以zhuānyè技術(shù)服務(wù)推動(dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)與發(fā)表進(jìn)展。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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